Aktuality

03/10/2018

Slavnostní inaugurace výzkumné infrastruktury EU-OPENSCREEN ERIC

Berlín, 25. září 2018 – V prostorách Max Delbrückova centra pro molekulární medicínu Helmholtzovy asociace v Berlíně se uskutečnila slavnostní inaugurace konsorcia evropské výzkumné infrastruktury EU-OPENSCREEN ERIC.

Česká republika je v EU-OPENSCREEN ERIC zastoupena velkou výzkumnou infrastrukturou CZ-OPENSCREEN, celým názvem Národní infrastruktura chemické biologie, jež je provozována Ústavem molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. a jejíž odpovědnou osobou je RNDr. Petr Bartůněk, CSc. Partnerskými institucemi v rámci infrastruktury CZ-OPENSCREEN jsou dále: Univerzita Palackého v Olomouci, Masarykova univerzita v Brně a Vysoká škola chemicko-technologická v Praze.

Celý článek naleznete na:

https://www.vyzkumne-infrastruktury.cz/2018/09/slavnostni-inaugurace-eu-openscreen-eric/

http://www.msmt.cz/ministerstvo/novinar/inaugurace-vyzkumne-infrastruktury-eu-openscreen-eric?lang=1

30/08/2018

EU-OPENSCREEN ERIC Newsletter - červenec 2018

Rozhovor s dr. Petrem Bartůňkem, ředitelem CZ-OPENSCREEN a představení Evropské chemicko-biologické databáze ECBD naleznete v červencovém čísle EU-OPENSCREEN ERIC Newsletter.

19/04/2018

Evropská chemicko-biologická databáze již konečně zná svou domácí adresu

CZ-OPENSCREEN, celým názvem Národní infrastruktura chemické biologie, je velká výzkumná infrastruktura provozována Ústavem molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. CZ-OPENSCREEN provozuje v rámci České republiky nejmodernější výzkumnou infrastrukturu v oblastech chemické biologie a genetiky s možností otevřeného přístupu externím uživatelům. CZ-OPENSCREEN prezentuje Českou republiku v konsorciu evropské výzkumné infrastruktury EU-OPENSCREEN ERIC, jehož první ustavující zasedání proběhlo 12. dubna 2018 v Berlíně.

CZ-OPENSCREEN má v rámci EU-OPENSCREEN nezastupitelnou a opravdu výjimečnou roli. Náročným procesem evaluace byl Ústav molekulární genetiky vybrán jako hostitelská instituce Evropské chemicko-biologické databáze (ECBD). Tato skvělá zpráva byla oznámena právě na výše zmíněném zasedání v Berlíně, a tak 12. duben 2018 je pro tento český uzel konsorcia dnem červeně zvýrazněným v kalendáři.

V databázi ECBD budou uloženy všechny výstupy z partnerských center konsorcia EU-OPENSCREEN, jako jsou data z testování s vysokou propustností (HTS) či struktury chemických sloučenin. Všechna tato data budou zpřístupněna na bázi otevřeného přístupu široké vědecké veřejnosti. Než dojde k jejich zpřístupnění, budou procházet nezbytným procesem ověřování a kontrolou kvality, teprve poté budou vypuštěna do světa. O jejich validaci se postarají nejprve partnerské instituce, ve kterých budou tato data vznikat, a následně pražský ECBD tým. Přátelské uživatelské prostředí by mělo umožnit jednoduché i pokročilejší (s možností přesného nastavení parametrů) vyhledávání a identifikaci uživatelsky definovaných datových množin. Součástí databáze budou také nástroje pro analýzu nashromážděných dat, aby je jak začátečníci, tak pokročilí uživatelé byli schopni plně využít. Kromě běžné uživatelské podpory ECBD týmu bude ECBD web nabízet i interaktivního průvodce s přehledem hlavních funkcí a popisem zobrazovaných dat. Nastřádaná, ověřená data budou dále z ECBD předávána do databáze ChEMBL, za účelem zvýšení jejich dostupnosti. Je důležité poznamenat, že o hardwarové zázemí a bezpečné prostředí ECBD se bude starat CESNET - národní e-infrastruktura, která poskytuje široké spektrum služeb pro přenos, ukládání a zpracování dat, spravuje také velká datová úložiště pro ukládání a sdílení dat. Zapojení CESNETu do projektu ECBD je skvělým příkladem spolupráce Velkých infrastruktur na národní úrovni.

Nezbývá než popřát ECBD týmu hodně kvalitních dat a vědecké veřejnosti hodně nápadů, jak tato data využít pro další výzkum. Infrastruktury totiž existují především jako pomoc pro ty, kteří si náročné technologie a testování nemohou dovolit. Jejich úkolem je tyto věci umožnit a posouvat tak znalosti o našem světě dál až třeba k novým léčivům.

Infrastruktura CZ-OPENSCREEN je podpořena z programu MŠMT: LM - Projekty velkých infrastruktur pro VaVaI (2010-2017), číslo projektu LM2015063.

 

 

19/04/2018

CZ-OPENSCREEN je zakládajícím členem EU-OPENSCREEN

Česká republika se stala členem konsorcia EU-OPENSCREEN ERIC. Tato Evropská infrastruktura pro testování v chemické biologii vznikla rozhodnutím Evropské komise dne 20. března 2018. Hostitelskou zemí EU-OPENSCREEN ERIC je Německo a Česká republika spolu s Finskem, Lotyšskem, Norskem, Polskem a Španělskem patří mezi zakládající státy. Dne 12. dubna 2018 se uskutečnilo první ustavující zasedání členů EU-OPENSCREEN ERIC.

ERIC (European Research Infrastructure Consortium) je právní rámec EU, který poskytuje panevropských infrastrukturám některé výhody mezinárodních organizací jako je např. možnost odpočtu DPH či spotřební daně, její právní způsobilost je uznávána ve všech členských státech EU.

EU-OPENSCREEN ERIC je mezinárodní výzkumná platforma, která bude nabízet otevřený přístup (tzv. open access) ke svým vyspělým technologiím a službám a to nejen uživatelům z Evropy, ale z celého světa. Bude spravovat evropskou chemicko-biologickou knihovnu sloučenin, které bude poskytovat svým uživatelům zejména za účelem biologického výzkumu. Bude spravovat centrální databázi výsledků, kde budou uložena data z testovacích center konsorcia, přístupná na bázi otevřeného přístupu vědecké veřejnosti. Vědci napříč Evropou dost často nemají přístup k vyspělým technologiím a sbírkám sloučenin z důvodu jejich vysoké nákladnosti na pořízení, provoz i údržbu. Toto konsorcium bude svými aktivitami tyto překážky a finanční limity překonávat a usnadní přeshraniční spolupráci.

Česká republika je v EU-OPENSCREEN ERIC zastoupena velkou výzkumnou infrastrukturou CZ-OPENSCREEN, celým názvem Národní infrastruktura chemické biologie, jež je provozována Ústavem molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. a jejíž odpovědnou osobou je RNDr. Petr Bartůněk, CSc. Partnerskými institucemi v rámci infrastruktury CZ-OPENSCREEN jsou dále: Univerzita Palackého v Olomouci, Masarykova univerzita v Brně a Vysoká škola chemicko-technologická v Praze.

CZ-OPENSCREEN provozuje v rámci České republiky nejmodernější výzkumnou infrastrukturu v oblastech chemické biologie a genetiky s možností otevřeného přístupu externím uživatelům. Tato velká výzkumná infrastruktura je zaměřena na identifikaci nových molekulárních sond a nástrojů pro výzkum a validaci sloučenin vhodných pro vývoj nových léčiv. CZ-OPENSCREEN zároveň systematicky buduje sbírku chemických sloučenin zahrnující jak komerčně dostupné sloučeniny, tak i chemické sloučeniny originálně syntetizované v ČR.

Členství České republiky v EU-OPENSCREEN ERIC je důležitým milníkem v existenci infrastruktury CZ-OPENSCREEN a mezinárodním uznáním její dlouholeté práce a snahy přispět svým dílem k identifikaci a vývoji nových léčiv.

Infrastruktura CZ-OPENSCREEN je podpořena z programu MŠMT: LM - Projekty velkých infrastruktur pro VaVaI (2010-2017), číslo projektu LM2015063.

 

11/12/2017

Chemické listy věnované počítačovému návrhu léčiv

Chcete vědět, jak se orientovat v chemickém prostoru, jaké jsou možné formáty zobrazení chemických struktur či jaké chemické databáze vůbec existují? Nebo vás víc zajímá, jak virtuálně navrhnout lék či jak se spravují výsledky testování s vysokou propustností?

To vše a ještě více naleznete v listopadovém čísle Chemických listů, které představuje důležité aspekty počítačového návrhu léčiv a několik posledních kapitol je pak věnováno praktickým aplikacím výpočetní techniky v chemicko-biologických laboratořích od správy knihoven chemických látek po správu výsledků HTS experimentů. Všechny články jsou volně přístupné.

http://www.chemicke-listy.cz/cz/index.html

06/11/2017

Pracovní pozice

Vědecký asistent/pracovník se zaměřením na profilování signálních drah a molekulárních cílů

CZ-OPENSCREEN: Národní infrastruktura chemické biologie (Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i.) hledá vysoce motivovaného spolupracovníka pro buněčné a biochemické profilování bioaktivních látek a potenciálních léčiv.

Pracovní náplň:

  • Vývoj a provádění experimentů s vysokou propustností (high-throughput screening, HTS)
  • Koordinace činnosti malého pracovního týmu 2-4 lidí
  • Práce s tkáňovými kulturami (etablované nádorové linie a primární buňky)
  • Vývoj buněčných testů pro profilování knihoven chemických sloučenin
  • Experimenty založené na změně fenotypu buněk s využitím widefield/konfokální mikroskopie a impedanční label-free technologie
  • Pokročilá obrazová analýza, vytěžovaní znalostí z dat, dekonvoluce signálních drah v buňce, identifikace molekulárních cílů a identifikace molekulárních mechanizmů účinku bioaktivních látek

Požadavky:

  • Ph.D. v oboru biochemie, molekulární/buněčné biologie či příbuzných biomedicinálních oborů
  • Znalosti z oblasti buněčné signalizace a biochemických drah
  • Rozhodnost, schopnost komunikovat a spolupracovat s členy týmu, efektivně organizovat čas
  • Schopnost prezentovat a publikovat výsledky vědecké práce
  • Ochota učit se novým věcem, samostatnost, abstraktní a kritické myšlení, kreativita, flexibilita
  • Dobrá znalost anglického jazyka slovem i písmem podmínkou

Platové a jiné podmínky:

Nabízíme dobré platové ohodnocení, pracovní smlouvu na 1 rok s možností prodloužení na 5 let. Místo výkonu práce je Praha.

Unikátní možnost pracovat v nové a špičkově vybavené infrastruktuře a v dynamicky se rozvíjejícím multidisciplinárním týmu zahrnující specialisty v oborech biochemie, molekulární a buněčné biologie, medicinální chemie a cheminformatiky.

Sociální výhody:

5 týdnů dovolené, stravenky, možnost sportovního vyžití v krčském areálu Akademie věd (squash, volejbalový́ kurt, basketbal, posilovna).

Pracovní úvazek: plný pracovní úvazek

Počátek pracovního poměru: dle dohody, možno ihned.

V případě zájmu o tuto pozici zašlete motivační dopis a Váš profesní životopis nejpozději do 30.11.2017 na adresu jana.brazinova@img.cas.cz.

 

28/07/2017

Probes & Drugs – portál, který šetří čas

Probes & Drugs

logo Nature Methods

Svět je nabitý informacemi, valí se na nás ze všech stran. Jak ale najít ty pravdivé, jak se vyvarovat polopravd a lží? Jak informace správně zkombinovat, aby výsledný úsudek dával správný smysl? S těmito problémy se potýkáme všichni, ovlivňuje to naše rozhodování, náš úsudek. Taková analýza zabere mnohdy daleko více času, než jsme si původně mysleli. Na Ústavu molekulární genetiky AV ČR vyvinuli webový portál, který výrazně usnadní práci s informacemi nejen vědcům, kteří se primárně zabývají chemickými sloučeninami a jejich účinkem na živé organismy.

Portál s jednoduchým, ale výstižným názvem “Probes & Drugs” (do češtiny přeložitelným jako Próby a léky) v současné době obsahuje více než 30 000 sloučenin a číslo stále narůstá. Na jednom místě jsou zde shromážděna veřejně dostupná data o těchto sloučeninách, která jsou jinak roztroušena v různých databázích po světě, často velmi těžko dohledatelná. Jedná se především o biologicky aktivní látky, u kterých je již buď částečně či úplně známá aktivita vůči různým proteinům, v konkrétních biologických systémech či jejich terapeutický účinek. Zatímco léky jsou jasně popsané a k užívání schválené sloučeniny, chemické próby nebo, chcete-li, sondy se běžně používají ke studiu funkcí genů, ověřování cílových molekul či k popsání buněčných procesů, a jejich biologická aktivita je popsána mnohdy pouze částečně. V databázi najdeme struktury jednotlivých sloučenin, případně informace s jakými dalšími látkami je možné danou sloučeninu nahradit. Samotný portál využívá data o těchto sloučeninách a různě je kombinuje podle požadavků uživatelů. Někdo by mohl namítnout, že není přece tak výjimečné či obdivuhodné, že si někdo dal práci nashromáždit všechna dostupná data „pod jednu střechu“, ale jak uvádí Petr Bartůněk, vedoucí týmu, který tuto databázi připravil a spravuje: „Kouzlo Probes & Drugs spočívá hlavně v tom, že na jedno až dvě kliknutí myší můžete během několika sekund (minut) nalézt souvislosti mezi sloučeninami, ke kterým jste se dříve dopracovali po dlouhých hodinách prosezených u svých počítačů. Naše databáze tak vědcům ušetří mnoho času. A navíc, díky promyšlenému jednoduchému uživatelskému designu mohou v databázi hledat a poměrně rychle se zorientovat i naprostí laici, kteří viděli chemický vzorec naposledy na základní škole.“ Bohužel se stává, že informace o chemických próbách, které jsou uváděny v databázích, mohou být zastaralé či v horším případě i chybné, ale přesto jsou nadále vědeckou komunitou používané. Jak vysvětluje Ctibor Škuta, doktorand z týmu Petra Bartůňka: „Probes & Drugs se snaží tyto chybně uváděné informace o chemických próbách eliminovat. To je velmi důležité, protože tak lze předejít omylům a mnoha vědcům ušetřit čas a případně i peníze. Naši databázi samozřejmě neustále aktualizujeme o nejnovější data. “

Důležitost Probes & Drugs portálu byla stvrzena přijetím vědeckého článku, který jej popisuje, do prestižního časopisu Nature Methods (článek vyjde v jeho srpnovém čísle). Samotný portál se otevřel svým uživatelům 26. 7. 2017 a jen čas ukáže, nakolik si budou vědci Probes & Drugs cenit, jak hojně portál budou využívat ke svým úvahám, jak často se k němu budou vracet. Nezbývá než popřát jejím tvůrcům hodně pozitivních zpětných vazeb a hodně citací “Probes & Drugs”.

https://www.probes-drugs.org

celý článek (Nature Methods)

http://dx.doi.org

 

05/09/2016

SLAS Translating Research Ideas into Future Therapeutics Conference

Skupina SLAS pořádá ve dnech od 29. do 30. listopadu 2016 v belgické Lovani konferenci „Translating Research Ideas into Future Therapeutics”. Témata konference přitahují pozornost akademických pracovníků, farmaceutických skupin, zástupců výzkumných infrastruktur, organizací poskytující smluvní výzkum a poskytovatelů dotací napříč celou Evropou. SLAS konference tak umožňuje sledovat vývoj nových terapeutik a inovací jak na akademických pracovištích, tak v soukromých firmách.

Více informací zde.

 

20/10/2015

 

 

Aktualizovaná verze Cestovní mapy ČR velkých infrastruktur

Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy vypracovalo aktualizovanou verzi Cestovní mapy ČR velkých infrastruktur pro výzkum, experimentální vývoj a inovace pro léta 2016 až 2022. V oblasti Biomedicíny byla opět zařazena "CZ-OPENSCREEN: Národní infrastruktura chemické biologie".

Více informací zde.

 

14/07/2015

Zařazení EU-OPENSCREEN do aktualizované verze ESFRI Cestovní mapy 2016

Během plenární schůze ESFRI´s Working Group on Implementation dne 12. června 2015 bylo rozhodnuto, že projekt EU-OPENSCREEN bude zařazen do seznamu aktivních projektů v aktualizované verzi ESFRI Cestovní mapy 2016. Její vydání je plánováno ke konci roku 2015.

Více informací zde.

 

25/11/2014

Studuj Bioinformatiku

Skvělá možnost studovat Bioinformatiku na VŠCHT Praha ve studijním programu Chemická informatika a bioinformatika. Garantuje Laboratoř informatiky a chemie.

Bioinformatika je skloubením molekulární a buněčné biologie, biochemie, statistiky a počítačové vědy. Zabývá se nejen vývojem nástrojů pro přístup, používání a správu biologických databází, ale především analýzou, interpretací a vyhledáváním vztahů v molekulárně-biologických datech.

Studijní obor Bioinformatika si klade za cíl vychovat všestranné odborníky na analýzu, zpracování a interpretaci dat získaných v biologii, biochemii, biomedicíně a dalších souvisejících oblastech. Absolvent studia získá hluboké vzdělání v přírodních vědách (chemie, molekulární biologie, matematika a statistika). Informatika pro něj pak představuje užitečný nástroj, který mu bude pomáhat naplňovat hlavní cíl jeho práce, jímž je hledání zákonitostí a vztahů v živých systémech.

Více informací zde.

 

24/9/2013

Slavnostní otevření infrastruktury

Obrázek: Slavnostní otevření centra CZ-OPENSCREEN za účasti (zleva) ministra školství, mládeže a tělovýchovy Dalibora Štyse, hlavního koordinátora EU-OPENSCREEN Ronalda Franka a ředitele Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. Václava Hořejšího

 

Ve středu 24. září 2013, kdy bylo například uveřejněno, že opět vzrostla národní a zahraniční důvěra v českou ekonomiku, zaznamenala Česká republika další významný okamžik. Téhož dne bylo v rámci Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. slavnostně otevřeno centrum mezinárodní excelence „CZ-OPENSCREEN: Národní infrastruktura chemické biologie“, které je současně národním uzlem panevropské výzkumné infrastruktury ESFRI EU-OPEENSCREEN.

Jak bylo uvedeno v Akademickém bulletinu AV ČR., nově vybudované centrum se především zaměřuje na hledání sloučenin účinných v boji s neurodegenerativními a nádorovými onemocněními, poruchami krvetvorby či diabetem.  Více zde.

Centrum je vybaveno špičkovými přístroji, které jsou obsluhovány týmem kvalitních vědců. Tím je zaručena významná podpora základního výzkumu v České republice. O tom a mnohém dalším vypráví redaktorka Petra Benešová ve vysílání Českého rozhlasu. Více zde.

Mezi novinkami na stránkách Akademie věd ČR je ke zhlédnutí video dokumentující činnost infrastruktury a její přínos jak pro českou vědu, tak i pro celou Českou republiku. Více zde.

Magazín Týden.CZ dokonce uvádí, že infrastruktura CZ-OPENSCREEN představuje špičkové výzkumné centrum pro chemickou biologii a genetiku a vybudování centra má podle vědců pro Česko zásadní význam a posune český výzkum v oblasti chemické biologie a genetiky na evropskou úroveň. Více zde.